在宅副業での所得（収入－費用）が赤字だった場合は・・・・
もちろん、確定申告をすると税金が戻ります。
自宅で副業も儲かることばかりなら、いいんですが・・・

サラリーマンの年間所得額はその赤字分だけ低くなり、当然それにかかる所得税も安くなる。
給与所得にかかる所得税は毎月の給与から源泉徴収されているので、年間トータルで所得を計算すると、税金を払い過ぎたことになり、 このような場合は、赤字の分は、確定申告すれば戻ってきます。

損益通算といって、数種類の所得があった場合でも、そのうちのどれかに赤字が出たときは、一定の順序に従って、他の所得の黒字から差し引くことができます。
税務署は税金を多くもらっても、そのことを教えてはくれません。
自分で申告しなくてはいけません。